به منظور هماهنگ نمودن فعاليت‌هاي عمراني و لزوم تهيه برنامه‌هايي براي رشد اقتصادي و اجتماعي كشور در سال 1316 هجري شمسي شوراي اقتصادي تشكيل شد.

در 17 فروردين سال 1325 به موجب تصويب‌نامه هيأت وزيران هيأتي به نام هيأت تهيه نقشه اصلاحي و عمراني كشور تشكيل شد. هيأت دولت پس از دريافت گزارشات ارائه شده از سوي اين هيأت در مرداد ماه سال 1325 تصويب كرد؛ براي رسيدگي به برنامه‌هاي ارائه شده از سوي وزارتخانه‌ها، هيأت جديدي به نام هيأت عالي برنامه تشكيل شود.
هيأت عالي برنامه در سال 1327 لايحه قانون برنامه هفت ساله عمراني كشور را تهيه و به مجلس وقت ارائه كرد. در اين لايحه براي نخستين بار با توجه به لزوم جلوگيري از ايجاد اصطكاك بين سازمان‌هايي كه عمليات مشابه انجام مي‌دهند از سويي و لزوم تحول اقتصادي كشور از سوي ديگر پيشنهاد ‌شد؛ اجراي برنامه از طريق همكاري بين دواير دولتي و سازمان‌هاي وابسته به دولت از يك طرف و سازماني خاص به نام سازمان برنامه از طرف ديگر انجام گيرد. به اين ترتيب در شهريور ماه 1327 اداره‌اي به نام اداره دفتر كل برنامه تأسيس شد كه بعداً اين اداره سازمان موقت برنامه ناميده ‌شد. در نهايت طبق قانون برنامه عمراني ايران، مصوب 26 بهمن 1327 سازمان برنامه به وجود آمد.

از تكاليفي كه در برنامه اول براي سازمان جديد پيبش‌بيني شده بود، تهيه برنامه تفصيلي و امكان‌سنجي اجراي طرح‌ها بود. 

نظام برنامه‌ريزي در برنامه سوم عمراني تحولاتي اساسي يافت كه مهم‌ترين آن به شرح زير بود:
- دستگاه‌هاي اجرايي و وزارتخانه‌ها به طور مستقيم وارد فرآيند برنامه‌ريزي شدند. در مراحل اول، چارجوب كلي برنامه شامل هدف‌هاي كلان و تخصيص بخشي اعتبارات توسط معاونت اقتصادي سازمان برنامه تعيين شد و در مرحله بعدي برنامه‌هاي اجرايي بخش‌ها در كميته‌هاي بخشي تهيه گرديد. كميته‌هاي مزبور متشكل از نمايندگاني از معاونت اقتصادي سازمان برنامه و دستگاه‌هاي اجرايي ذي‌ربط بود. هدف از تشكيل اين كميته‌ها علاوه بر تسهيل فرآيند برنامه‌ريزي بخشي، گسترش و تعميم مفاهيم برنامه‌ريزي در سطح وزارتخانه‌ها بود.
- سازمان برنامه از حالت اجرايي خارج شد و اجراي طرح‌هاي عمراني به دستگاه‌ها و وزارتخانه‌ها محول گرديد. سازمان فقط اجراي طرح‌هايي را كه در برنامه دوم بر عهده داشت ادامه داد.
- هيأت نظارت و شوراي عالي حذف و جاي آن را هيأت عالي برنامه و هيأت حسابرسي گرفتند.
- معاونت طرح‌ها و برنامه در سازمان برنامه كه مهم‌ترين وظيفه آن تهيه گزارش اقتصادي و ارزيابي طرح‌هاي در دست اجرا و سنجش اقتصادي آن‌ها بود، ايجاد شد.
- سازمان برنامه موظف شد در پايان شهريورماه هر سال گزارش اقتصادي سال جاري و نيز پيش‌بيني سال آينده را تهيه و به هيأت عالي برنامه ارايه كند.

با تصويب قانون برنامه و بودجه در 15 اسفند 1351، سازمان برنامه به دليل انتقال وظيفه تهيه و تدوين تمامي بودجه به آن «سازمان برنامه و بودجه» ناميده ‌شد.

وظايف و اختيارات سازمان در زمينه برنامه‌ريزي، تنظيم بودجه و نظارت به قرار زير بود:
1- انجام مطالعات و بررسي‌هاي اقتصادي و اجتماعي به منظور برنامه‌ريزي و تنظيم بودجه و تهيه گزارش‌هاي اقتصادي و اجتماعي.
2- تهيه برنامه درازمدت با تبادل‌نظر با دستگاه‌هاي اجرايي و تسليم آن به شوراي اقتصاد.
3- تهيه برنامه عمراني پنج‌ساله طبق فصل چهارم اين قانون.
4- پيشنهاد خط‌مشي‌ها و سياست‌هاي مربوط به بودجه كل كشور به شوراي اقتصاد.
5- تهيه و تنظيم بودجه كل كشور.
6- نظارت مستمر بر اجراي برنامه‌ها و پيشرفت سالانه آنها طبق مفاد فصل نهم اين قانون.
7- هم‌آهنگ نمودن روش‌ها و برنامه‌هاي آماري كشور.
8- ارزشيابي كارآيي و عملكرد در دستگاه‌هاي اجرايي كشوري و گزارش آن به نخست‌وزير.
9- بررسي گزارش‌ها و مسائلي كه بايد در شوراي اقتصاد مطرح شود.

براساس مصوبه هشتاد و ششمين جلسه شوراي اداري (در تاريخ 11/ 12/ 1378)  به منظور تحقق مطلوب وظايف و اختيارات رئيس محترم جمهوري موضوع اصل 126 قانون اساسي جمهوري اسلامي ايران و تأمين يكپارچگي در مديريت كلان و فراهم كردن زمينه تحقق مطلوب برنامه توسعه اقتصادي اجتماعي و فرهنگي كشور با ادغام دو سازمان برنامه و بودجه و امور اداري و استخدامي كشور، سازمان مديريت و برنامه‌ريزي كشور تشكيل شد و فعاليت‌هاي خود را از تير ماه سال 1379 آغاز كرد.

در سال 1386 شوراي عالي اداري در يكصد و سي و سومين جلسه خود، در راستاي تحقق چشم‌انداز جمهوري اسلامي ايران در افق 1404 و سياست‌هاي كلي نظام و برنامه چهارم توسعه و به منظور حسن اجراي اصول 60، 124 و 126 قانون اساسي جمهوري اسلامي ايران و اجراي مفاد ماده 154 برنامه چهارم توسعه تصويب نمود:
«معاونت نظارت و هماهنگي بر سياست‌هاي اقتصادي و علمي معاون اول رئيس جمهور، معاونت هماهنگي و نظارت راهبردي نهاد رياست جمهور، سازمان مديريت و برنامه‌ريزي كشور و مؤسسات وابسته آن، با تمام وظايف و اختيارات و مسئوليت‌ها و دارايي و تعهدات و اعتبارات و امكانات و نيروي انساني، ادغام و با عنوان دو معاونت به نام‌هاي «معاونت برنامه‌ريزي و نظارت راهبردي رئيس جمهور» و «معاونت توسعه مديريت و سرمايه انساني رئيس جمهور» فعاليت مي‌كنند.

شورايعالي اداري در يكصد و شصت و هشتمين جلسه مورخ 12/9/1393 به منظور ايجاد وحدت مديريت و انسجام و يكپارچه‌سازي ساختار سازماني لازم در اجراي اصول 126و 124 قانون اساسي جمهوري اسلامي، با احياء و تشكيل سازمان مديريت و برنامه‌ريزي كشور و استانها موافقت نمود.
شورايعالي اداري در يكصد و هفتاد و ششمين جلسه مورخ 2/ 5/ 1395با توجه به اختيارات اصل 126 قانون اساسي، به منظور سازماندهي و انسجام بخشي به مأموريت‌ها و وظايف مربوط به حوزه‌هاي امور اداري و استخدامي و برنامه و بودجه تصويب نمود: وظايف رييس جمهور در امور برنامه و بودجه، در قالب سازمان برنامه و بودجه كشور توسط «معاون رييس جمهور و رييس سازمان برنامه و بودجه كشور» اداره گردد.